Cesare Mancini è nato a Siena. Si è diplomato in organo e composizione organistica al Conservatorio Luigi Cherubini di Firenze e si è perfezionato con Tagliavini, Koopman, Vogel, Oortmerssen, Lohmann, Boyer, Stembridge, van de Pol, Acciai, Carnini, Donini. Si è laureato in storia della musica all’Università di Siena con una tesi su Marco Enrico Bossi, poi pubblicata.

È il maestro di cappella e l’organista della Cattedrale di Siena. È fondatore e direttore del Coro Agostino Agazzari, con il quale effettua servizio in Cattedrale, concerti in Italia e all’estero nonché incisioni discografiche e registrazioni su RaiUno.

Intensa è la sua attività concertistica in Italia e in paesi quali Germania, Francia, Olanda, Gran Bretagna, Austria, Danimarca, Polonia, Romania, Slovenia, Cile, Kazakistan e Tailandia. Ha partecipato a manifestazioni quali la Settimana Musicale Senese organizzata dall’Accademia Musicale Chigiana, l’Italiaanse Muziek Festival di Amsterdam, le rassegne Kirchenmusik in Köln di Colonia, “Música en las Alturas” di Valparaíso, i Festival organistici internazionali dell’Accademia di Musica Italiana per Organo di Pistoia, di Roma, di Milano, di Lucca, di Arezzo, “Virtuosismi d’organo sul Lago di Como”, “Incontri musicali al S. Anna” di Pisa, il Festival natalizio di Firenze, collaborando con direttori quali Roberto Gabbiani e Luciano Acocella e con complessi quali l’Orchestra Sinfonica di Sofia e l’Orchestra “Rinaldo Franci Città di Siena”. Già assistente del direttore artistico dell’Accademia Musicale Chigiana di Siena, svolge attualmente il ruolo di consulente musicologico, responsabile della biblioteca e del museo degli strumenti musicali della stessa istituzione. È stato consigliere di amministrazione del Conservatorio Cherubini di Firenze e dell’Istituto Superiore di Studi Musicali Rinaldo Franci di Siena.

Ha al suo attivo insegnamenti di storia della musica, musicologia sistematica e discipline affini nei Conservatori di Venezia, Siena, Matera, Trapani, Sassari e Piacenza, all’Università di Firenze e alla Siena Jazz University; nonché di musica sacra e organo al Seminario Arcivescovile di Siena.

Pubblica libri e saggi di interesse storico-musicale e musicologico, partecipa a conferenze, tiene masterclass e viene chiamato a far parte di giurie di concorsi internazionali. Ha tra l’altro curato il volume Un così bello e nobile istrumento. Siena e l’arte degli organi e la prima traduzione italiana del Traité de l’Orgue di Mersenne (1635) ed è membro del comitato direttivo della rivista Chigiana. Journal of musicological studies. Giornalista pubblicista, ha collaborato alle riviste “Informazione organistica” e “Arte organaria e organistica”. È presidente della sezione senese di Antiquae Musicae Italicae Studiosi. È stato membro della commissione artistica dell’Accademia di musica italiana per organo di Pistoia. Cura inoltre il festival For Organs organizzato dall’Accademia Chigiana di Siena ed è direttore artistico della rassegna concertistica Musica Senensis.

Compie attività di ricerca e di trascrizione di antiche composizioni, delle quali propone anche prime esecuzioni e prime incisioni moderne. Ha curato la pubblicazione di musiche, spesso in prima edizione assoluta, per le case editrici Armelin, Carrara ed Eurarte.

Si dedica alla ricerca e alla salvaguardia di strumenti antichi. È ispettore onorario per la tutela degli organi storici della Soprintendenza ai Beni Artistici e Storici delle Province di Siena e Grosseto. La sua esperienza in campo organologico lo ha portato a numerosi incarichi di ricerca e catalogazione di organi storici e a consulenze in opere di restauro o di costruzione di nuovi strumenti.

Nel 2008 gli è stata conferita la medaglia d’oro di civica riconoscenza del Premio il Mangia di Siena.